La filtration biologique piscine repose sur le travail combiné des bactéries nitrifiantes, des plantes épuratrices et du substrat minéral pour dégrader les matières organiques et purifier l'eau naturellement. Le cycle de l'azote transforme l'ammoniac (issu des baigneurs) en nitrates absorbés par les plantes.
Le système filtration naturelle comprend trois étapes : la filtration mécanique (rétention des particules en suspension), la filtration biologique (dégradation bactérienne des nutriments) et la filtration végétale (absorption des nitrates et phosphates). Un bon équilibre biologique bassin s'atteint après 2 à 3 mois de maturation et se maintient avec un entretien minimal.