La faune piscine naturelle est un indicateur de la bonne santé de l'écosystème aquatique. Grenouilles vertes, libellules, couleuvres d'eau et dytiques s'installent spontanément dans un bassin naturel mature et participent à la régulation des populations d'insectes et de larves indésirables.
La biodiversité bassin naturel peut surprendre les néophytes : quelques grenouilles sont bénéfiques car elles mangent les moustiques, mais une trop grande population peut gêner la baignade. La cohabitation baignade faune est facilitée par la création d'une zone refuges (pierres, végétaux denses) à l'écart de la zone de baignade, permettant à la faune d'évoluer sans interférer avec les baigneurs.
