La piscine biologique partage les memes principes que la piscine naturelle mais integre souvent un filtre mecanique supplementaire. Ce prefiltre retient les grosses particules avant que l'eau n'entre dans la zone de regeneration vegetale.
En France, la distinction entre piscine naturelle et biologique n'est pas reglementee. Les fabricants utilisent les deux termes selon l'intensite de la filtration technique ajoutee au systeme vegetal de purification de l'eau.