La zone de lagunage est le compartiment peu profond ou l'eau transite lentement au contact des racines des plantes epuratrices. Sa surface doit representer trente a cinquante pour cent de la surface totale du bassin pour une filtration efficace.
Le substrat se compose de gravier lave de granulometrie huit a seize millimetres sur trente centimetres d'epaisseur. Les plantes helophytes comme les roseaux, les joncs et les iris d'eau y trouvent un milieu ideal pour se developper.